एल-मिथाइलफोलेट घटक में अशुद्धता नियंत्रण आवश्यक है क्योंकि अशुद्धियाँ जैविक गतिविधि को कम कर सकती हैं, विषाक्तता बढ़ा सकती हैं और एल-मिथाइलफोलेट की नैदानिक प्रभावकारिता को प्रभावित कर सकती हैं। JK12A एल-मिथाइलफोलेट की एक ऑक्सीडेटिव अशुद्धता है। नवीनतम निष्कर्षों से पता चला है कि जेके12ए ने जेब्राफिश भ्रूण के विकास पर प्रतिकूल प्रभाव डाला और खुराक पर निर्भर तरीके से हृदय गति और जीवित रहने की दर दोनों को बदल दिया।
मैग्नाफोलेट वर्तमान में एल-मिथाइलफोलेट में सबसे कठोर अशुद्धता नियंत्रण कच्चा माल है, जिसे ग्रह पर सबसे शुद्ध एल-मिथाइलफोलेट के रूप में जाना जाता है।